Sebilangan besar musim kedua Gotham sejauh ini difokuskan pada Jerome Velasco (Cameron Monaghan), anak dengan rambut merah dan ketawa yang menghantui yang disangka oleh banyak penonton untuk akhirnya menjadi Joker. Dia datang ke tempat kejadian pada Musim 1, dituduh membunuh ibunya dan dipenjarakan di Arkham Asylum, tetapi dibebaskan bersama beberapa tahanan terpilih oleh Theo Galavan (James Frain).
Walaupun dalang jenayah Theo dan adiknya Tabitha perlahan-lahan mengambil alih Gotham City, bos jenayah baru Oswald Cobblepot alias Penguin (Robin Lord Taylor) telah curiga tidak hadir. Dia telah bersantai, tetapi Cobblepot kini kembali ke pertunjukan dengan penuh dendam. Dalam episod minggu lalu, Theo melakukan kesalahan menculik ibu Cobblepot dan memeras Cobblepot sehingga dia boleh mencalonkan diri sebagai walikota. Dan sebagai hasilnya, Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), kapten baru GCPD, telah menetapkan kekuatan serangan barunya di Penguin.
Klip baru (di atas) dari episod Isnin depan, bertajuk "Scarification", memaparkan pasukan pemogokan baru yang menyerang salah satu operasi Penguin dan disambut oleh peluncur roket. Ini jelas merupakan yang baru bagi Kapten Barnes, yang benar-benar terkejut dengan persenjataan canggih, meninggalkan Harvey Bullock (Donal Logue) untuk hanya menjawab, "Selamat Datang di Gotham, Kapten."
Kapten Barnes terbukti menjadi tambahan baru yang menarik bagi Gotham kerana dia tidak bermain dengan peraturan di bandar ini. Dia kemudian bersetuju untuk memukul Merc, yang dikatakan oleh James Gordon (Ben McKenzie) menjual sebahagian besar senjata berat di bandar, walaupun mereka masih belum tersentuh hingga kini dengan membayar separuh dewan bandar. Mungkin selamat untuk mengatakan bahawa Penguin tidak akan senang dengan Gordon yang mendedahkan sedikit maklumat itu.
Sudah tentu, ketika Kapten Barnes terus memerangi jenayah di Kota Gotham, Galavan dan Penguin perlu meningkatkan operasi mereka sendiri. Kedua-duanya akan bergabung dalam episod minggu ini dengan satu lagi keluarga berbahaya Gotham, dan persaingan antara Waynes dan Galavans yang muncul kembali juga akan menjaga tangan Gordon penuh.
Masalah jelas akan menjadi lebih buruk bagi semua orang di Kota Gotham, membuka jalan bagi Bruce Wayne untuk akhirnya menjadi Batman. Gencatan senjata Galavan dan Penguin hanya sementara, kerana Puan Cobblepot masih ditahan. Sekumpulan penjahat baru sedang meningkat, termasuk Edward Nygma, yang merupakan bom waktu yang menunggu untuk terjadi. Dan ketika Kapten Barnes memberi tekanan yang lebih besar terhadap kejahatan di Gotham, penjahat akan semakin mundur.
Gotham kembali dengan "Scarification" Isnin depan jam 8 malam di FOX.